研究院的成立可能會嚴重削弱大學的數學發展。Veblen、Alexander 和 Von Neumann 擔任了研究院的職務，Hille 於1933年去耶魯大學任教授，這就減去了教員總數約三分之一，對多產的研究專家而言，比例就更高了。因此，學校數學的力量受到嚴重威脅，研究院和學校都認識到雙方合作的益處，也都從擁有龐大的終身及訪問數學家隊伍中獲益非淺。學校保留了 Alexander、Veblen 和 von Neumann 的職務，他們至少可以作顧問、幫助指導論文、為《Annals of Mathematics》審定稿件，以及開設高級研究班課程。反過來，研究院也享用到了完善的圖書館和先進的物理設備。

不過，數學系還是面臨著重建這個重要問題。兩位領導 Eisenhart 和 Lefchetz 施展才幹，帶領全系渡過了困難時期。作為系主任及教師會主席，Eisenhart 促進著與研究院的密切聯繫，他向人們顯示出這樣做對大學的益處。新的教師會主席任命後，Eisenhart 又擔負起研究生學校校長的職務。盡管他最大的志願一直在於本科生數學計劃，他仍然全力以恪守著新的職責，並利用自己在學校中的職位，為數學研究生計劃籌集了充足的資金。

Lefchetz 接任了 Veblen 的「Fine 研究教授」。這個職位無需教學，不過他卻仿照 Veblen 的做法，每學期都帶一個研究班，研究生們也十分積極地參加。他是數學系在「研究生學校委員會」裡的代表，這使他能進一步維護研究生數學計劃的利益，也激發了他對研究工作的個人興趣:他詳盡審閱了研究生申請表，從中挑選出10%∼20%，他認為這可以解決當時尚未成形的研究生計劃的需要，他盡可能與每個研究生接觸，觀察他們的進步情況。包括 Hung Dowker、William Flexner、Ralph Fox、Paul Smith、Norman Steenrod、Albert Tucker、Jonh Tukey、Robert Walker 和 Henry Wallman 的論文。在 Eisenhart 負責全系事務和系與大學其他方面的關係時，Lefschetz 建立了研究計劃和研究生計劃。

考慮到那些已經離去的資深成員，系裡決定繼續推行 Fine 的措施，以年輕有為的研究者接替他們的位置。

「數學系始終關注著職員中出現的問題，以期保持自己的特色。我們出版《Annals of Mathematics》，因而相當清楚誰是這個領域裡傑出人才。並且，由於此地高級研究院的存在，使我們另有辦法維持原有的地位。」

Salomon Bochner、H.F. Bohnenblust、E.J. Mcshane、Albert Tucker 和 Samuel Wilk 於1933年接到了初級學者的任命，以後幾年，還有 Norman Steenrod、Walter Strodt、E.W. Tott 和 C.B. Tompkins。

數學系繼續專注於幾個特定領域，而無意對數學的所有方法給予同等關注。大學的 Eisenhart、Lefschetz、Trocy Thomas、 Morris Knebelman、Tucker 和 Steenrod，同研究院的 Veblen 和 Alexander 一起研究幾何、拓撲學；研究數學物理的是大學的 Eugene Wigner和 H.P. Roberson，研究院的 Weyl、von Neumann 和 Einstein；數理邏輯是大學的 Church 和研究院的 Gödel；還有大學的 Bohnblust、Bochner 和 Mcshane，研究院的 Von Neumann 和 Weyl 從事分析學研究。在任用了數理統計學先驅者之一的 S.S. Wilks 後，一個嶄新的研究領域又開拓出來了。

30年代，不論從畢業研究生的人數還是從研究成果的產出率來衡量，普林斯頓的數學集體都是首屆一指的。1930至1939年間，學校培養出39位數學博士，包括 Carl Allendoerfer、John Bardeen、A.L. Foster、Wallace Givens、Robert Greenwood、Lsael Halperin、Banesh Hoffmann、Nathan Jacobson、Malcolm Robertson、Ernst Snapper、Abraham Taub、Alan Turing、J.L. Vanderslice、J.H.C. Whitehead 和 Shaun Wylie（及前面已提到的）。從1923到1941年，「國家研究委員會資格計劃」實施期間，59位數學家訪問過普林斯頓，其中（包括已提及的）有 A.A. Albert、Gustav Hedlund、Derrick Lehmer、Neal McCoy、Deane Montgomery、Charles Morrey、Hassler Whitney 和 Leo Zippin。有189位數學家在1933至1939年擔任了研究院的訪問學者，著名的有 Reinhold Birkhoff、Eduard Cech、A.H. Clifford、P.A.M. Dirac、Witold Hurewicz、Deane Montgomery、Marshall Stone、Stanislaw Ulam、Andre Weil 和 Oscar Zariski。